蟒蛇有着极端的新陈代谢系统。如果一条蟒蛇吞食了四分之一体重的食物，它的代谢速率会增加到 1000%。如果它吞食了相当于其整个体重的食物，代谢速率会飙升到 4400%。相比之下，马在全速奔跑时代谢速率能达到 3500%，但马可能只能持续数分钟，而蟒蛇能持续两周
蟒蛇大幅提高代谢率主要是为了制造胃酸。人类一天中会向胃里加入几次酸以处理食物。而蟒蛇在空腹的情况下胃里没有一点酸，其 PH 值和水相同。
当蟒蛇在吞食食物数小时内，它会制造大量的酸去分解猎物，这些酸会在胃里停留数天。与此同时，蛇内肠会经历一个显著的生长。蛇内肠细胞有着指状突起去吸收糖分和其它营养物质。它的指状突起会伸展五倍长。一条蟒蛇的小肠一夜之间其重量会增长三倍，消化道之后能够处理大量涌入的食物。当食物通过血液循环，蛇的其它器官也会增长以对其进行处理，它的肝脏和肾脏重量会增加一倍，心脏增加 40%。食物消化掉后器官就会恢复原始大小。
研究人员对蟒蛇基因活性的跟踪发现，在吞食猎物 12 小时内，它会激活不同部分的大量基因。部分基因参与了生长，部分基因对应力做出反应和修复受损 DNA。科学家此前从未在其它动物身上观察到此类奇特的组合。科学家承认要真正理解蛇如何消化食物还有很多工作要做。